Fytotherapie werkt alleen met medicinale planten of daaruit bereide preparaten. Met deze planten en de daarin aanwezige specifiek werkzame stoffen worden de natuurlijke functies in je lichaam ondersteund en versterkt. Deze werkzame stoffen zijn niet gelijk over de plant verdeeld. Sommige zijn bijvoorbeeld geconcentreerd in de wortels, andere in de bladeren, in de bloemen of de bessen, in de jonge scheuten, in de vruchten, de zaden of de schors. In de fytotherapie worden niet alleen kruiden gebruikt, maar ook extracten van bomen en andere planten.
Voorbeelden zijn melisse (kruid) bij onrustige kinderen, arnica (plant) bij vallen of stoten of berk (boom) bij jicht en reuma.